この度マンションを購入することになりましたので、マンション購入費用、管理費、修繕積立金などの経費についてまとめてみました。
税務署に電話したり税理士ドットコムで確認しました。
自宅兼事務所マンションの経費計上
自宅兼事務所のマンションの購入費は、減価償却として経費に計上できます。
減価償却の対象となるのは、「建物代」+「建物代に係る消費税」のみで、「土地代」は含めません。マンションの契約書を見れば、それぞれいくらか分かるように金額が入っています。
自宅兼事務所マンションの減価償却方法

賃貸のときは毎月家賃の支払いから事業分を案分して計上しますが、マンション購入後は減価償却となります。
例として以下の条件での計算を紹介します。
<条件>
建物価格:2000万円
建物に係る消費税:200万円
償却率:0.022(鉄筋コンクリート)
事業共有割合:25%
償却率は国税庁のページで確認できます。
<計算>
2200万円×0.022=48.4万円
48.4万円×25%=12.1万円
121,000円を1年間の減価償却費として計上します。
マンションを共同持ち分として購入した場合の減価償却

私は個人事業主で妻を青色専従者にしていますが、マンション購入費は半々ぐらいの共同名義になります。この場合、減価償却の計算はマンション購入費トータルに対してするのか、或いは事業主の持ち分(購入費の半分)だけに対して計算するのかが分からず、確認しました。
Question
3000万円のマンションを夫婦で1500万円ずつ出して購入
パートナーを青色専従者にしている
減価償却の計算は3,000万円を基準に計算? or 事業主の持ち分1,500万円を基準に計算?
Answer
3,000万円(トータル)を基準に計算します。また、パートナーに家賃を払って経費計上するようなことはできないそうです(その代わりに持ち分関係なくトータルを基準にできると言ってました)。
マンションの管理費・修繕積立金は経費にできるのか

次に気になったのが、毎月支払いが発生する管理費や修繕積立金は経費にできるのか?
電話に出た税務局員がどうやら新人っぽくて、あまり会話が成立しませんでした。その税務局員の結論としては、明確な基準がなく事業に関係する要素を説明できる根拠が必要となるそうです。
本来は管理費も修繕積立金も、エレベーターやエントランスなどのマンション共有部分に関連する費用です。通常仕事では共有部分を使わないので、建物代金の25%を事業割合として減価償却する場合でも、管理費と修繕積立金も同じように25%を経費にするのは無理があるのでは?というのが私個人の見解でした。
これに対する税理士の見解は、事務所部分を含むマンションそのものを維持管理するのに支払いが必須であることから、管理費・修繕積立金も同様の案分率で経費になるそうです。
修繕計画があること、修繕のみに使われること、修繕有無に関わらず返金されないこと等の条件に該当することが必須だそうですが、大体のマンションは該当するはずです。
科目としては、管理費、修繕費と分けるよりも、「事務所管理費等」といった科目で纏める方が分かりやすくて良いみたいです。
修繕積立基金は経費にできるのか

新築マンションの場合、取得時に「修繕積立基金」という費用も支払いします。これは毎月払う修繕積立金の前払い的なもので、修繕積立金と同様に経費にできるという見解です。
仕訳としては、建物+消費税に含めて減価償却するか、修繕計画で定められた期間で割って毎年計上するか(修繕積立金や管理費と同じ科目を使用)、となるようです。
どの方法で計上するかはあまり大差はなく、理屈が通っていれば問題ないという認識です。
まとめ
個人事業主として自宅兼事務所のマンションを購入するにあたり気になったことを色々調べてみた結果でした。税務署の担当や税理士によって回答はまちまちで、実際グレーゾーンっぽいところがあるので、ご自身の状況にあわせて確認した方がいいです。
また、たとえ税務署に問い合わせたとしても、実際に税務調査になったときには違うことを言われるかもしれません。重要なのは経費になる根拠を明確に説明できることで、しっかりと理論武装しておけば問題ないと考えます。